まちカドおるみんGNOME で ~/ と ~/Desktop は地味に使いわけてて，スクリプトとか作ったプログラムであんまり変更しないのとか長く保存しそうなら ~/ に置いて，作業するときには ~/Desktop に置いてわりと直ぐ消す，としている。文字通り Desktop として使ってるってわけでして。
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