PulseAudioの位置付けがいまいちよくわかってなかったんだけど、この図を見たらなんとなくわかったようなわかならいような

https://en.wikipedia.org/wiki/PulseAudio#/media/File:Pulseaudio-diagram.svg

ややこしいのは「ALSAを使ってしまうアプリ」に対してはデフォルトの仮想サウンドカードとしてPulseAudioがいて、でPulseAudioはALSA sinkというやつでALSAへ音を送るわけか。

Linux の Audio 機能をコマンドラインで設定 - Qiita https://qiita.com/propella/items/4699eda71cd742cba8d3

でJACKを経由する場合はPulseAudioはALSA sinkでなくてJACK sinkというのを使うんでJACKに音が送られて、JACKは接続先のALSAへ音を送るということですね。