同じドメインの別サーバが立ち上がったときに一番致命的なのは、以前のサーバ情報が消されずに残っていたサーバ上で、他人(新サーバのユーザー)のprivate投稿が閲覧できてしまう不具合です。
これは、100%防ぐのは難しいです。同じアカウント名を予約済みにして、二度と使わないぐらいかな。
鍵は、Mastodonの場合、1日で古いの捨ててリフレッシュしちゃうので、実はあまり問題になりません。
mstdn.socialが、一度閉鎖されて、ドメインが他の人に渡って、その後大きなサイトに成長してしまった実例です。