@Shi0916 たぶんサーバ上ではport 3000で設定してると思うので、まずこれ。
ss -lt
LISTEN 0 511 *:3000 *:*
って感じの行(*:3000のやつ)を探す。あればヨシ。(あと、0.0.0.0:httpや0.0.0.0:httpsもみつけとく。nginx)
ここでだめなら、misskeyのログをみる。
sudo journalctl -ru misskey
3000で待ち受けられているようだったら、curlで直接アクセスしてみる。
curl localhost:3000
それっぽい応答が返ってきたら、misskeyのプロセスは大丈夫。
つぎに、cloudflareを通さずに、サーバ上からnginxに直接curlでアクセスしてみる。
curl --resolve mi.shi-jk.com:443:127.0.0.1 https://mi.shi-jk.com/
nginxをリバースプロキシに使っていて、証明書入ってて、SSLでつながるか。
ま、そんな感じで、ひとつひとつ順番に確かめていこうね。