もしかして腕をiPadの画面から浮かせて筆記してらっしゃいませんか。
最近のiPad+Apple Pencilの組み合わせだとpalm rejectionがかなり上手くはたらくので,普通の紙面にたいするのとほぼ同じ姿勢で筆記ができます。
それとは別に,物理用紙と鉛筆の組み合わせより「疲れる」原因として考えられるのは,
・iPad miniの画面はかなり小さいので,一般的な大学ノートその他に書くより頻繁に筆記位置を動かす必要があること
・iPadおよびApple Pencilの材質のせいで筆記時に筆先が滑りやすく,とくに漢字などの細かい文字を書きにくいこと
なんかがあるかなぁ。