ドワンゴさん、VRMを少しでも流行らせたいと考えてくださっているのなら https://github.com/dwango/dwango.github.io のIssueを開放してくくださると助かります。もしくはHugoでビルドする前のソースファイルをmasterブランチに配置して、現在masterブランチにあるビルド後のものはgh-pagesブランチに入れてもらえるとPull Requestも送りやすくなって幸いですね。
またできればではありますがVRM関連のウェブページは dwango/dwango.github.io 以下ではなく別途VRM関連のものだけを含むリポジトリ (e.g. dwango/vrm) を作って管理してもらえた方が嬉しいです。そちらのほうがIssueも書きやすくなります。
GitHub Pagesの仕様でリポジトリがわかれていてもURL自体は変わらず維持できるのでそこまで大きな問題は起きないでしょう。あとは /vrm/ は英語にして /vrm/ja/ が日本語といった分け方にした方が良いでしょうね。