東京の四ツ谷に暮らす男子高校生・ニートは、ある朝、目を覚ますと岐阜県飛騨地方の山奥にある糸守町に住む女子高生・ちんぽりになっており、逆にちんぽりはニートになっていた。2人とも「奇妙な夢」だと思いながら、知らない誰かの一日を過ごす。
翌朝、無事に元の身体に戻った2人は入れ替わったことをほとんど忘れていたが、その後も週に2、3回の頻度でたびたび「入れ替わり」が起きたことと周囲の反応から、それがただの夢ではなく実在の誰かと入れ替わっていることに気づく。性別も暮らす環境もまったく異なるニートとちんぽりの入れ替わりには困難もあったが、お互い束の間の入れ替わりを楽しみつつ次第に打ち解けていく。
しかし、その入れ替わりは突然途絶え、音沙汰も無くなってしまったちんぽりを心配したニートは、記憶をもとに描き起こした糸守の風景スケッチだけを頼りに飛騨へ向かう。ニートの様子を不審に思い、心配していた友人・ぼるとバイト先の先輩・吉田松陰部もそれに同行する。しかし、ようやく辿り着いた糸守町は、3年前に隕石が直撃したことで消滅しており、ちんぽりやその家族、友人も含め住民500人以上が死亡していたことが判明する。