@manzyun ありがとうございます。
apt autoremoveはupdate/installしたときにしろというメッセージが出て気になるのでけっこうしています。先日Ubuntu 18.04にアップグレードしたあとに、autoremoveしたら30分くらい待たされました。16.04から2年ぶりのアップグレードなので、相当数の更新があったのでしょう。
愛用しているマウスジェスチャーのeasystrokeが動かなくなったり、IMEのmozcの切り替えが遅くなるなど、不都合も出てきました、
今のノートパソコンももうすぐ六年目に入ります。単純にHD容量の問題だったり、マシンの問題でもありそうなので、外付けHDの購入や、パソコンの買い替えも視野に入れて検討します。